Dysfunksjoner i PSNS kan være varierte og kan bare påvirke ett eller flere organer. Hvis nervene i systemet er skadet, kan dette forstyrre signaler mellom hjernen og organer som hjerte, blodårer og svettekjertler. Hvis det er et overskudd av nevrotransmitteren acetylkolin, kan dette føre til noen bivirkninger.
Siden denne nevrotransmitteren sender signaler til organer i kroppen som er involvert i PSNS, kan for mye av den føre til kramper, muskelsvakhet, lammelser, diaré, uklart syn og overproduksjon av tårer. Hvis PSNS er underaktiv på grunn av nerveskade, kan dette føre til symptomer som konstant høyt blodtrykk og hjertefrekvens.
Dette skyldes at det parasympatiske nervesystemet ikke fungerer som det skal for å roe ned kroppen etter stress, så man kan oppleve at noen er i en konstant stresset tilstand uten synlig årsak. Autonom dysfunksjon er en tilstand hvor det autonome nervesystemet og dets deler ikke fungerer som de skal. Denne dysfunksjonen kan utvikles når nerver i det autonome nervesystemet er skadet, og kan variere fra mild til livstruende. Den vanligste årsaken til autonom dysfunksjon er diabetes, men det kan også være arvelige årsaker, samt aldring, Parkinsons sykdom eller kronisk utmattelsessyndrom som noen av mulige årsaker.

Nedenfor er noen andre symptomer på skade eller dysfunksjon i PSNS:

• Problemer med å fordøye mat – å ikke kunne fordøye ordentlig eller i et langsommere tempo enn normalt.
• Blærefunksjonsforstyrrelse – dette kan føre til urininkontinens.
• Unormal svetting – svettekjertlene kan produsere for mye eller for lite svette.
• Mangel på pupillereaksjon – pupillene kan være ute av stand til å trekke seg sammen etter en stressende situasjon, og kan derfor alltid virke større enn normalt.
• Mangel på spyttproduksjon – dette kan føre til at maten ikke blir fordøyd ordentlig.
• Dårlig vanemeny
• Tarmproblemer – dette kan være enten forstoppelse eller for hyppige avføringer.
• Manglende evne til å kontrollere kroppens indre temperatur.
• Synsproblemer, f.eks. uklart syn.

Autonom dysfunksjon kan behandles avhengig av symptomene som oppleves. For eksempel, hvis årsaken til dysfunksjonen skyldes diabetes, vil kontroll av blodsukker være hovedbehandlingen. I mange tilfeller kan behandling av den underliggende sykdommen (hvis aktuelt) tillate skadede nerver i ANS å reparere og regenerere. Autonom dysfunksjon kan diagnostiseres av en lege som tar seg tid til å forstå hva problemet egentlig er. For eksempel ved bruk av blodtrykksmålere for å teste høyt eller lavt blodtrykk, eller ved bruk av elektrokardiogram for å måle hjertefrekvens.
Selv om medisinske tilstander ikke alltid kan behandles, finnes det noen raske løsninger som kan være nyttige for å aktivere PSNS hvis det tar tid å komme seg etter en stressende situasjon. For eksempel kan dype magedrag hjelpe med å nullstille PSNS og senke hjertefrekvensen. På samme måte har aktiviteter som mindfulness, meditasjon og yoga vist seg å hjelpe med avslapning og kan til og med bidra til at kroppen vender tilbake til homeostase. Ved mer alvorlig parasympatisk dysfunksjon anbefales det alltid å søke lege.