As disfunções dentro do PSNS podem ser variadas e podem afetar apenas um ou mais órgãos. Se os nervos do sistema estiverem danificados, isso pode interferir com as mensagens enviadas entre o cérebro e órgãos como o coração, vasos sanguíneos e glândulas sudoríparas. Se houver um excesso do neurotransmissor acetilcolina, isso pode resultar em alguns efeitos secundários.
Como este neurotransmissor envia sinais para órgãos do corpo envolvidos no PSNS, o excesso deste pode resultar em cãibras, fraqueza muscular, paralisia, diarreia, visão turva e produção excessiva de lágrimas. Se o PSNS estiver subativo devido a danos nos nervos, isso pode resultar em sintomas como pressão arterial e frequência cardíaca constantemente elevadas.
Isto acontece porque o sistema parassimpático não consegue funcionar corretamente para acalmar o corpo após períodos de stress, pelo que pode encontrar alguém num estado constante de stress sem um gatilho visível. A disfunção autonómica é uma condição em que o sistema nervoso autónomo e as suas divisões não funcionam corretamente. Esta disfunção pode desenvolver-se quando os nervos do sistema nervoso autónomo são danificados e pode variar de leve a potencialmente fatal. A causa mais comum de disfunção autonómica é a diabetes, mas podem existir razões hereditárias, assim como o envelhecimento, a doença de Parkinson ou a síndrome da fadiga crónica, que são algumas das possíveis causas.

Abaixo estão alguns outros sintomas de dano ou disfunção dentro do PSNS:

• Problemas na digestão dos alimentos – incapacidade de digerir corretamente ou a um ritmo mais lento do que o normal.
• Disfunção da bexiga – isto pode resultar em incontinência urinária.
• Sudação anormal – as glândulas sudoríparas podem estar a produzir suor em excesso ou em quantidade insuficiente.
• Falta de resposta pupilar – as pupilas podem não conseguir contrair-se após uma situação de stress, podendo parecer sempre maiores do que o normal.
• Falta de salivação – isto pode resultar em alimentos não sendo digeridos corretamente.
• Mau menu de hábitos
• Problemas intestinais – pode ser constipação ou evacuações frequentes.
• Incapacidade de controlar a temperatura interna do corpo.
• Problemas visuais, por exemplo, visão turva.

A disfunção autonómica pode ser tratada dependendo dos sintomas experienciados. Por exemplo, se a causa da disfunção for diabetes, o controlo dos níveis de açúcar no sangue será o tratamento principal. Em muitos casos, o tratamento da doença subjacente (se aplicável) pode permitir que os nervos danificados dentro do SNA se reparem e regenerem. A disfunção autonómica pode ser diagnosticada por um médico que dedique tempo para entender exatamente qual é o problema. Por exemplo, usando monitores de pressão arterial para testar pressão alta ou baixa, ou usando um eletrocardiograma para medir a frequência cardíaca.
Embora as condições médicas nem sempre possam ser tratadas, existem algumas soluções rápidas que podem ser úteis para ativar o PSNS se a recuperação de uma situação stressante estiver a demorar. Por exemplo, respirar profundamente pelo abdómen pode ajudar a reiniciar o PSNS e a baixar a frequência cardíaca. De forma semelhante, atividades como mindfulness, meditação e yoga têm demonstrado ajudar a relaxar e podem até ajudar o corpo a regressar à homeostase. Para disfunções parassimpáticas mais graves, é sempre recomendada a consulta de um médico.