Dysfunktioner inom PSNS kan vara varierande och kan påverka ett eller flera organ. Om nerverna i systemet är skadade kan detta störa kommunikationen mellan hjärnan och organ som hjärtat, blodkärlen och svettkörtlarna. Om det finns ett överskott av neurotransmittorn acetylkolin kan detta leda till vissa biverkningar.
Eftersom denna neurotransmittor skickar signaler till kroppens organ som är involverade i PSNS, kan för mycket av den leda till kramper, muskelsvaghet, förlamning, diarré, suddig syn och överproduktion av tårar. Om PSNS är underaktivt på grund av nervskada kan detta resultera i symtom som konstant högt blodtryck och hjärtfrekvens.
Detta beror på att det parasympatiska systemet inte kan fungera ordentligt för att lugna ner kroppen efter stressiga perioder, så du kan uppleva att någon är i ett konstant stressläge utan någon synlig orsak. Autonom dysfunktion är ett tillstånd där det autonoma nervsystemet och dess delar inte fungerar som de ska. Denna dysfunktion kan utvecklas när nerver i det autonoma nervsystemet skadas och kan variera från mild till livshotande. Den vanligaste orsaken till autonom dysfunktion är diabetes, men det kan finnas ärftliga orsaker, liksom åldrande, Parkinsons sjukdom eller kroniskt trötthetssyndrom som några av de möjliga orsakerna.

Nedan följer några andra symtom på skada eller dysfunktion inom PSNS:

• Problem med att smälta mat – att inte kunna smälta ordentligt eller i en långsammare takt än normalt.
• Blåsdysfunktion – detta kan leda till urininkontinens.
• Onormal svettning – svettkörtlarna kan producera för mycket eller för lite svett.
• Brist på pupillreaktion – pupillerna kan vara oförmögna att dra ihop sig efter en stressig situation, så de kan alltid se större ut än normalt.
• Brist på salivproduktion – detta kan leda till att maten inte smälts ordentligt.
• Dålig habit meniu
• Tarmproblem – detta kan vara antingen förstoppning eller för många tarmrörelser.
• Oförmåga att kontrollera kroppens inre temperatur.
• Synproblem, t.ex. suddighet.

Autonom dysfunktion kan behandlas beroende på vilka symtom som upplevs. Om orsaken till dysfunktionen till exempel beror på diabetes är blodsockerkontroll den primära behandlingen. I många fall kan behandling av den underliggande sjukdomen (om tillämpligt) göra det möjligt för skadade nerver inom ANS att reparera och regenerera. Autonom dysfunktion kan diagnostiseras av en läkare som tar sig tid att förstå vad problemet exakt är. Till exempel genom att använda blodtrycksmätare för att testa högt eller lågt blodtryck, eller genom att använda ett elektrokardiogram för att mäta hjärtfrekvens.
Även om medicinska tillstånd inte alltid kan behandlas finns det några snabba lösningar som kan vara användbara för att aktivera PSNS om det tar tid att återhämta sig från en stressig situation. Till exempel kan djupa bukandningar hjälpa till att återställa PSNS och sänka pulsen. På samma sätt har aktiviteter som mindfulness, meditation och yoga visat sig hjälpa till att slappna av och kan till och med hjälpa kroppen att återgå till homeostas. Vid allvarligare parasympatisk dysfunktion rekommenderas alltid att söka läkares råd.