Dysfuncties binnen het PSNS kunnen gevarieerd zijn en kunnen slechts één of meerdere organen aantasten. Als de zenuwen in het systeem beschadigd zijn, kan dit de communicatie tussen de hersenen en organen zoals het hart, de bloedvaten en zweetklieren verstoren. Als er een overschot is aan de neurotransmitter acetylcholine, kan dit leiden tot enkele bijwerkingen.
Aangezien deze neurotransmitter signalen naar organen van het lichaam stuurt die betrokken zijn bij het PSNS, kan een teveel hiervan leiden tot krampen, spierzwakte, verlamming, diarree, wazig zicht en overmatige traanproductie. Als het PSNS onderactief is door zenuwbeschadiging, kan dit leiden tot symptomen zoals voortdurend hoge bloeddruk en hartslag.
Dit komt doordat het parasympathische zenuwstelsel niet goed kan functioneren om het lichaam te kalmeren na stressvolle momenten, waardoor iemand constant in een staat van stress kan verkeren zonder zichtbare aanleiding. Autonome disfunctie is een aandoening waarbij het autonome zenuwstelsel en zijn onderdelen niet goed werken. Deze disfunctie kan ontstaan wanneer zenuwen van het autonome zenuwstelsel beschadigd zijn en kan variëren van mild tot levensbedreigend. De meest voorkomende oorzaak van autonome disfunctie is diabetes, maar er kunnen ook erfelijke redenen zijn, evenals veroudering, de ziekte van Parkinson of het chronisch vermoeidheidssyndroom als mogelijke oorzaken.

Hieronder staan enkele andere symptomen van schade of disfunctie binnen het PSNS:

• Problemen met het verteren van voedsel – niet in staat zijn om goed te verteren of langzamer dan normaal.
• Blaasdisfunctie – dit kan leiden tot incontinentie of urineverlies.
• Abnormaal zweten – de zweetklieren kunnen te veel of te weinig zweet produceren.
• Gebrek aan pupilreactie – de pupillen kunnen mogelijk niet samentrekken na een stressvolle situatie, waardoor ze altijd groter lijken dan normaal.
• Gebrek aan speekselproductie – dit kan ertoe leiden dat voedsel niet goed wordt verteerd.
• Slecht gewoonte menu
• Darmproblemen – dit kan zowel constipatie als te veel stoelgang zijn.
• Niet in staat zijn om de interne lichaamstemperatuur te regelen.
• Visuele problemen, bijvoorbeeld wazig zien.

Autonome disfunctie kan worden behandeld afhankelijk van de ervaren symptomen. Bijvoorbeeld, als de oorzaak van de disfunctie diabetes is, zal het beheersen van de bloedsuikers de primaire behandeling zijn. In veel gevallen kan de behandeling van de onderliggende ziekte (indien van toepassing) beschadigde zenuwen binnen het ANS laten herstellen en regenereren. Autonome disfunctie kan worden gediagnosticeerd door een arts die de tijd neemt om precies te begrijpen wat het probleem is. Bijvoorbeeld door het gebruik van bloeddrukmeters om hoge of lage bloeddruk te testen, of door een elektrocardiogram te gebruiken om de hartslag te meten.
Hoewel medische aandoeningen niet altijd behandeld kunnen worden, zijn er enkele snelle oplossingen die nuttig kunnen zijn om het PSNS te activeren als het even duurt om te herstellen van een stressvolle situatie. Bijvoorbeeld, diepe buikademhalingen kunnen helpen het PSNS te resetten en de hartslag te verlagen. Evenzo zijn activiteiten zoals mindfulness, meditatie en yoga allemaal aangetoond te helpen bij ontspanning en kunnen zelfs het lichaam helpen terugkeren naar homeostase. Bij ernstigere parasympathische disfunctie wordt altijd aangeraden een arts te raadplegen.